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將分子電離成帶電離子，按質荷比 (m/z) 分離檢測，換算得到分子量、物質種類、含量，是蛋白、代謝、脂質通用檢測金標準。
1. 蛋白質質譜（LC-MS/MS） 無偏向全蛋白鑒定、定量，未知蛋白可挖掘；適配細胞、組織、體液。 常用：Label-free、TMT、DIA、PRM 靶向驗證
2. 代謝組質譜 檢測小分子代謝物、脂質、內源物質、藥物。 常用：非靶向篩選、靶向定量代謝組
3. 空間質譜成像 MSI MALDI/DESI，保留組織空間位置，原位看分子分布
4. 小分子 / 藥物質譜 血藥濃度、毒物、激素、藥效物質檢測
三、主流檢測模式區別
非靶向：無預設篩選，挖掘未知差異分子，初篩用
靶向：只測指定目標物，靈敏度高，標志物驗證
相對定量：組間對比表達高低
jue對定量：精確算出實際濃度
優點
覆蓋廣，未知分子可鑒定
定量準確，公ren權wei結果
蛋白 / 代謝 / 脂質一機多用
局限
低豐度分子難檢出
樣本要求高、上機成本偏高
數據分析復雜度高
樣本前處理→酶解 / 萃取→液相色譜分離→電離→質譜檢測→圖譜比對→定性定量→富集分析
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